Los peligros potenciales son enormes. El ecosistema actual, infinitamente complejo e interconectado, es producto de un proceso de evolución de millones de años. Ahora los científicos están rompiendo este equilibrio delicado con cambios que jamás ocurrirían normalmente. Esto se está haciendo extremadamente rápido sin suficiente cuidado frente a las posibles consecuencias.
Son inevitables los efectos secundarios, y los accidentes y riesgos se han evaluado científicamente como ilimitados. A diferencia de la contaminación química o nuclear, la contaminación genética no puede recogerse; y los efectos tóxicos de equivocaciones genéticas pasarán a todas las futuras generaciones de una especie.
Debido a la falta de información y de especificación en las etiquetas de productos alimenticios, el público consumidor está haciendo de conejillos de Indias en estos experimentos tan arriesgados.
Por otra parte, se han descubierto recientemente secuencias de genes que sobreviven a la digestión, y entran al torrente sanguíneo, e invaden otras células, causando nuevas enfermedades altamente mortales, como por ejemplo la nombrada BSE (enfermedad de las vacas locas).
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